クライアントキャビネットへのログインおよび口座設定の変更は、MT口座へのログインとみなされますか？

みなされません。

90日間、MT4/5口座へのログインまたは取引がなく、かつ、口座残高がない口座が無効化対象となります。クライアントキャビネットへのログインは考慮されません。